Ben tinymce kullanıyorum ve bu tarz durumlar için kendi dosya yöneticimi geliştirdim. Dosyalar ayrı bir veritabanında tutuluyor, editör araç çubuğuna eklediğim buton ile modal içinde dosya arşivi açılıyor ve eklemek istediğim dosyayı seçiyorum. Eklenmek istenilen dosya, dosya arşivinde yoksa yine modal içinden dosya yükleniyor. Bu sistem ile hem editörlerde hem de sitedeki diğer bölümler için dosya arşiviniz oluyor. Php ve jquery ile halledebilirsiniz