Test etmedim ama bu işinizi görebilir;
https://codeshare.io/GLVvQN

$rowCount = $db->prepare("SELECT * FROM users WHERE email = ? OR username = ?");
$rowCount->execute(array($email,$username));

Kullanıcıdan gelen bilgiler ile daha önce oluşturulmuş bir kullanıcı var mı diye kontrol ediliyor. Sonra if - else bölümünde;

else if ($rowCount->rowCount() > 0){
$error = "Aynı kullanıcı adı veya email adresi ile kayıtlı üye var.";
}

kontrol yapılıyor. Yedeğinizi alıp test edersiniz.