setTimeout ile ilk fonksiyonda 1.divi style display none yaptırırsınız. Ayrıca ilk fonksiyondan 2.fonksiyonu yine setTimeout ile çağırırsınız sonradan 2.fonksiyonda da gerekli div işlemlerini yapıp 1.yi çağırırsınız yine setTimeout ile böylece döngü olur.

Ayrıca setInterval kullanabilirsiniz ancak çakışma olabilir sizin durumunuzda.