add_action( 'woocommerce_cart_calculate_fees', 'second_item_discount', 10, 1 );
function second_item_discount( $cart )
 {
if ( is_admin() && ! defined( 'DOING_AJAX' ) )
return;
$percentage = 50; 
$categories = array('kategori-adi'); 
$discount = 0;
foreach ( $cart->get_cart() as $cart_item ) 
{
if( $cart_item['quantity'] > 1 && has_term( $categories, 'product_cat', $cart_item['product_id'] ) )
{
$discount += wc_get_price_excluding_tax( $cart_item['data'] ) * $percentage / 100;
}
}
if( $discount > 0 )
$cart->add_fee( __( 'İkinci Ürün %50 İndirim', 'woocommerce' ) , -$discount );
}

Functions.php dosyana bu kodu ekleyeceksin değiştirmen gereken yerler 50(indirim Oranı) yazan yer ve kategori-adi yazan yer