$eski= array("ı", "ç", "ÄŸ","ü","ÅŸ","ö","İ","Ä?","Ü","Å?" ,"Ö","Ç","+","+");
$yeni= array("ı", "ç", "ğ","ü","ş","ö","İ","Ğ","Ü","Ş","Ö","Ç", " "," ");

ayrıca:
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-9"> unutmamak gerekir. Hala sorun varsa includes klasöründeki funtions dosyasın da hata olabilir.