Sunucu içinde bulunan her bir dosya inode'dir. 1 dosya = 1 inode olarak düşünebilirsiniz. Kullandığınız sistemi bilmeden net çözüm söylemek doğru olmaz. Örnek vermek gerekirse wordpress kullanıyorsanız bir görsel yüklediğiniz zaman aynı görselin farklı boyutlarda kopyası oluşturulur, kullanılmayan medya dosyalarını temizleyip inode sayısını düşürebilirsiniz. Wget cron çalıştırıyorsanız home dizininde dosyalardan yüzlercesi oluşturulmuş olabilir. Detaylı bilgi verirseniz yardımcı olabilirim.