Açtığınız konulara istinaden php öğrenme aşamasında olduğunuzu anlıyorum.
Bu şekilde gitmektense OOP ve MVC yapıları, kod standartlarını öğrenmenizi tavsiye ederim.

Sorunuza gelince include etmenin performans açısından etkisi yok denecek kadar az. Zaten sunucular derleyici işlemlerini cache alıp ona göre işlem yapmayı falan da destekliyor yani bu bir sorun olmayacaktır.