Screen içindeki işlem sürdüğü müddetçe açık kalır diye biliyorum. Minecraft sunucusu bir hata vs. sebebiyle kapanıyor olabilir mi? O kapanınca screen de silinir. Ayrıca SSH bağlantısını kesmeden önce screen'i arka plana atıyor musunuz? (Alt + A sonra da D)