Baktım.
Dynamic form kullanmışsınız buna gerek yok.Şöyle bir senaryo uygular mısın?
Formdaki satırı (soru ile ilgili bilgileri) içeren bir div oluştur ve jquery ile append et.
Input namelerini şu şekilde yapabilirsin. name="soru[0][c1]", name="soru[0][dogru_cevap]"
Buradaki sıfırı her yeni input grubu eklenmesinde arttır. Örneğin 0 dan başladıysa son inputun indexini(sırasını) öğren ve sonrakine bir fazlasını ver.

Belki bu yola hiç başvurmana da gerek kalmaz. Dynamic form'da submit olduğunda gönderdiğin json metnini görebilir miyim? Bir de öyle göreyim. Olmadı phpde farklı bir döngüyle çözeriz. Kullandığın yöntem yanlış değil ama farklı ve dolambaçlı