Klasör yapısı dediğiniz şey MVC ( Model - View - Controller ) yapısı. PHP'ye yeni başlayan birisinin öğrenmesi gereken ilk şey. Çünkü ben de PHP'yi öğrenir öğrenmez hemen bunu öğrendim. Tayfun'un bununla ilgili güzel bir eğitimi var:

https://www.youtube.com/watch?v=GOwFVMOJv68

Buna ek olarak MVC yapısını kullanmadan .php'leri silebilirsiniz evet. Bunun için de htaccess kurallarını öğrenmeniz gerekiyor.

https://www.plothost.com/kb/how-to-r...with-htaccess/