mühtemelen cronjob daki satırı wget yada curl yerine direkt php ile çalıştırdığınız için web server ı değiştirmek apache nginx litespeed hiçbir fayda sağlamaz. (düşündüğüm gibi değilsede /usr/bin/php /tam/dosya/yolu.php olarak girin cronjon satırını.) sadece litespeed de lsphp normal php den biraz daha hızlı çalışıyor da bunu cli de aynı farkı sağlıyor mu bilemiyorum. fakat anladığım kadarıyla sizin asıl probleminiz php nin veya webserver ın hızı değil.
tablonun innodb olduğunu varsayarak; asıl probleminiz mysql insert, update, işleminde table lock ve reindex işlemleri beklediğinizden dolayı veriler çoğaldıkça bu işlemleri beklediğinizde dolay genel olarak yekündeki işlem uzun sürüyor.
bunu daha da açarsak, normalde update, insert şöyle çalışır, siz veri ekleme yada güncelleme queryinizi gönderdiniz, ilgili tablo kilitlenir, veri eklenir/güncellenir, tablo indexi yenilenir, tablo açılır ve daha sonra sıradaki query ne varsa ona geçilir.
bayağı uzattım hemen çözümüne geçeyim çözümü de şöyle normal de sql insert queryiniz şöyle veya benzerdir.
insert into tabloadi (id,isim,numara) values (1,'r','10')
fakat bunu aşağıda şeklinde yaparak aynı anda birden fazla veriyi ekleyebilir ve sadece bir kere tablo lock index işlemine maruz kalabilirsiniz.
insert into tabloadi (id,isim,numara) values (1,'r','10'), (2,'r',11), (3,'r',12)
gibi uzar gider
tabi eğer query niz hali hazırda bunun gibi tek sql query de tüm verileri ekleme üzerine kuruluysa sunucu özellikleri yükseltmek dışında başka seçenek kalmıyor.