Litespeed falan kurup denediniz mi? Ngnix denediniz mi?
SQL sorgularınızın bu kadar yoracağını düşünmüyorum.
Yazılımda gereksiz döngüler var mı? Örneğin veritabanından tüm kullanıcılar çekilir bir foreach döngüsüne sokulup kontrol yapılır gibi.
Bu tarz kod blokları var mı? Varsa ondan da olabilir diye düşündüm.
Cache kullanıyor musunuz?