Birkaç çözüm var;

- İşletim sistemine göre php.ini dosyasını bulup içerisindeki Warning uyarısının log dosyasına gelmesini engelleyebilirsin.
- Warning uyarı hatası veren tüm dosyaları tek tek açıp hataları düzeltebilirsin.
- Error_Log dosyasını belirli zamanlarla temizleyen bir script yazabilir ve bunu Crontab a ekleyebilirsin.