Yazılımınızda problem var büyük ihtimalle.

Litespeed kullandığınızda sitenin geç yanıt verdiğini söylemişsiniz. Bunun nedeni litespeed'in her bir kullanıcı için suexec limiti uygulamasıdır. Bu limit problemli sorgular nedeniyle aşırı işlem oluşturan hesapların işlemlerini beklemeye alır böylelikle cpu kullanımı aşırı yükselmemiş olur. Düz apache'de ise tüm işlemler hiçbir limitlemeye sokulmadan işleme alınır bu da aynı anda yüzlerce işlemin dönmesine ve cpu kullanımının fırlamasına neden olur. Php-fpm'de de litespeed gibi bir suexec limitleme sistemi mevcuttur max child olarak geçer siz sanırım bu limitleri de yüksek tuttuğunuz için aynı şekilde yüzlerce işlem oluşuyor ve işlemci kullanımı yükseliyor.

Sunucunuz güçlü bir sunucu olmasına rağmen bu kadar yüksek kullanım yapması yazılım tarafında bir sıkıntı olduğuna işaret, öncelikle buna yoğunlaşmalısınız.

Ek olarak apache arkasında çalışan proxy nginx'in statik içerikler haricinde hiçbir faydası olmaz, hiç kullanmayın daha iyi.