Arkadaşın da dediği gibi menü display:fixed özelliği içerdiği için böyle olmuş. Kodlaması kötü yapılmış bayağı bana göre.
Görünüm -> Özelleştir -> Ek CSS kısmına şu kodları eklerseniz düzelir:

.main {
    margin-top: 100px;
}

nav.navbar {
    background-color: #222222 !important;
}

margin-top: 100px verince menü arkaplanı transparent olduğundan bir de menüye kendi rengini ekledim tekrardan.

Ekledikten sonra değişim olmazsa CTRL + F5 yapın, önbellekte olan kodlar silinip yenileri geldiğinde düzelecektir.