Tüm sistem dosyalarını inceleyin içerisine backdoor vs. gibi zararlı yazılımlar bırakmış olabilirler, şifreleriniz değiştirin(mysql dahil), açığın kaynağını bulmaya çalışın. Hosting içerisinden symlink metoduyla web sitenize ulaşılmış olabilir buna önlem olarak güvenilir hosting firmalarını kullanmanızı tavsiye ederim.