evet, farklı partition'lara kurduğunuzda açılırken soracaktır hangisini başlatmak istediğinizi diye biliyorum.

eğer linux kuracaksanız, windows'un bootloader'i linux'u tanımıyor. o yüzden, önce windows, sonra linux kurun ki, linux'un bootloader'i (grub) kurulsun, hepsini görüyor o.