Aşağıdaki kod ile en basit şekilde yapabilirsin. Kodu sitede her sayfaya include ettiğin bir sayfanın en üstüne ekle. Örneğin fonksiyon sayfasına. Sonra sayfayı ioncube ile şifrele.

<?php
$siteadresi = str_replace("www.","",$_SERVER['SERVER_NAME']);
$lisanslanacak_adres = "sitenikur.com"; // lisanslanacak site adresini yazıyoruz.

if($lisanslanacak_adres !== $siteadresi){ // eğer lisanslanacak adres site adresi değilse sayfayı kapatsın.
    echo "Site lisanslanan adreste çalışmıyor.";
    exit;
}
?>