Hocam bu ya tarayıcı ya da server tarafındanki cache'den olur, ya da bir diğer ihtimal yakın zamanda DNS değişimi yapıldıysa eski ip üzerindeki siteyi görüyor olabilirsiniz. Bir diğer ihtimal home/public_html ya da www gibi dışarı yansıtılan dosya klasörünü değil de yanlışlıkla backup vs içindeki dosyayı düzenliyor olabilirsiniz. Açıkçası aklıma başka bir ihtimal gelmiyor.

Yeni bir örnek dosya yaratın klasörde (ornek.php) ve tarayıcıdan onu açmaya çalışın. Eğer dosya açılırsa, diğer açılmayanlar bir şekilde cache ile ilintili olabilir. Eğer böyle bir dosya yok hatası alırsanız, cache dışındaki seçeneklere bakmanız lazım.