Yetkili arkadaş MySQL sunucusunu yeniden başlattığını söyledi sorun 10 dakika için sıfıra indi ancak süre geçtikçe tekrar yavaşlamaya başladı.
Hosting'inizi değiştirmeniz gerekecek gibi. Mysql'i yeniden başlatmak çözüm değil. Problem oluşturan siteye limit uygulamaları veya paylaşımsız hostinglere yönlendirmeleri lazım.