Hocam merhaba,
Sorunuzu anladığım kadarıyla cevap vereyim. Ben olsam şu şekilde yapardım;

Öncelikle kursların kayıtlı olduğu bir tablo, kullanıcıların kayıtlı olduğu bir tablo ve kurslara kayıt olanların olduğu ayrı bir tablo oluştururdum. Kullanıcı kursa kayıt olmak istediği zaman öncelikle kurslara kayıt olan kullanıcılar için oluşturduğum tablodan ilgili kurs için kaç adet kayıtlı öğrencinin olduğunu öğrenir. Eğer üçden fazla ise; bu kursa kayıt olamazsınız hatası verirdim. Eğer üçten küçük ise; kayıt işlemini gerçekleştirirdim.

Açılır menü olayında ise; Birinci seçenek, Selectbox her değiştiğinde ajax sorgusu atıp, back-end de kursun dolu olup olmadığını sorgularım. Eğer kurs dolu ise, kayıt olamazsınız hatası verirdim.
İkinci seçenek, PHP ile sayfa yüklenmeden verileri çeker, selectbox içerisinde dolu veya kayıt olabilirsiniz yazardım. Eğer selectbox içerisine yazmak istemiyorsanız, gizli bir div içerisinde bilgileri tutup yine selectbox her değiştiğinde kurs durumunu istediğim bir yere yazdırırdım.

Açıkcası şu an aklıma gelenler bunlar. Yapamazsanız özel mesaj gönderin daha detaylı anlatayım.