Merhaba;
Sistem loglarını temizlemeden de bir nebze index ekleyerek biraz rahatlatabilirsiniz.
Şu indexleri eklemenizi öneririm

tblactivitylog tablosu için;
id
date
userid
id+date
id+date+userid

Ayrıca Settings->General Settings -> Limit Activity Log sayınızı biraz daha düşürerek daha hızlı sonuç alabilirsiniz.

Bununla beraber OPTIMIZE TABLE tblactivitylog; komutunu da uygulayarak parçalanmış tablo yapınızdan kurtulabilirsiniz.
İyi çalışmalar.