SSL'yi yenilemek istediğinizde aldığınız hata?
Panel kullanıyor musunuz, (evetse hangisi)?
Genelde karşılaştığım durum:
Sitelerin ana dizininde bulunan .htaccess dosyasını (noktaya dikkat) geçici süreliğine htaccess olarak değiştirip, let's encrypt yenilemesini yaptıktan sonra tekrar eski haline getirebilirsiniz.