Sanırım olay hizalayıp, temizleme algoritmasını anlayınca çözülüyor hocam.
Performans açısından ben açıkçası pek fark hissetmedim. 1.5 dolarlık VPS üzerindeyim(79 MS, 1GB, 1CPU(benchmark'da 15K alan bir CPU)), 6200 satırlık hype sözlük'ü şifreledim ve dün ioncube ile 50 anlıkta %15 CPU yine %15'di. Elbette satır boyutu arttıkça ve VPS değil de bir 10 liralık türk hosting'inde olduğunu varsayarsam performans kaybını kestiremiyorum.

Söylediğiniz diğer tüm şeyler tamamen doğru. Yapmak istediğim 2 şey vardı:
1) Satışını yaptığım temada müşterilerime daha hızlı destek sunmak adına otomatik güncelleme. Ancak yaptıktan sonra şu soru geldi: İyi tamam da, benim her güncellemede tekrar ioncube encode parası vermem gerek. Ayrıca yapacak kişiyi beklemem gerek. Amacım hot fix'leri hızlandırmaktı, E bu ioncube zaten 5 dolara kırılıyor... Haliyle şifrelemesini kendim ücretsiz şekilde yapabileceğim alternatiflere koyuldum.

2) Nerede çokluk orada .... lafından hareketle, ioncube kullanımı fazla olunca; kırımı da yaygın ve hızlı oluyor. PHP, server side şifreleme siz de kabul edersiniz ki kırımı öyle ya da böyle mümkün. Hem de her türlüsü için... Şu an gördüğüm kadarıyla güncel tüm PHP encoder'ların otomatik bir sistemde tek klik kırımı mümkün. İstedim ki 5 dolara text editöre kodu kopyala yapıştır yapamasınlar, uzman birisini bulup; 5 dolara değil 100-150 dolara kırdırsınlar. Ki temanın kendisi 300 lira olunca; *****'e girişmeden gelip geliştiricisinden alsınlar.

Şimdi yapacaklarım:
1) Performans konusunu iyice irdilemem gerek. Ucuz bir cpanel host alıp; ioncube ve bu sistem arası değerleri süzeceğim. İkisi arasında performans farkı %10-15 dolaylarından fazlasıyla başka bir yol düşüneceğim.
2) Extension konusunda çok haklısınız ancak bana göre problem; bu extension'ı müşterinin hosting servisine kurdurmak. Bu bana ciddi bir müşteri kaybı olarak dönecektir diye düşünüyorum...

Değerli yorumunuz için ayrıca çok teşekkür ederim hocam.