@flyingatm; Ben sizi tebrik ederim, mantık güzel, işçilik güzel.

Tabi ki birisi bana gelse ve bu şifrelemeyi kır dese fiyatı ucuz olmaz ancak ondan ziyade sizin düşünmeniz gereken bu şifrelemenin ne kadar efektif olduğu, koruma için nelerden vazgeçtiğinizi iyi değerlendirmeniz lazım.
7.000 satırlık dosyadan bahsediyorsunuz, bunun istek başına maliyeti, yazılımızı kullanacak kişilere ne olacak? Test etmedim ama 100-200ms'de 7.000 satırlık kodu decode edecek hosting yok. Zaten bunun için ioncube gibi şifreleme algoritmaları extension olarak php'ye enjekte ediliyor.
Bu birinci önerim, ikinci önerim ise kendi algoritmanız olmadığı sürece geri dönüş (decode) ne yaparsanız, ne kadar yaparsanız yapın çok kolay olur. bence veriyi binary'ye dönüştürüp daha sonra karıştırmanız lazım, bunu da php içinden değil, c extension olarak yazmanız lazım. Şifreleme sisteminizde bu haliyle 7.000 satırlık kod da üretmiş olsanız, benim bunu çözecek yazılımı yapmam en fazla 1 saatimi alır, çünkü kullandığınız base64, gz, hex, herkes tarafından bilinen şeyler. Özgün algoritma yazarsanız işte o zaman günlerimi harcayabilirim çözmek için.