Aynen, bahsettiğiniz gibi after effects ile yapılıyor hocam. Tabii, sanıyorum birçok gif yapılan video düzenleyici programlarda var fakat benim tercihim her zaman after effects yönünde.
Gif'te oluşturmak istediğiniz grafikleri illustrator de vektörel olarak çizip, uygun .ai formatında after effects içerisinde açarsanız, vektörel kaliteden dolayı yapılan gif'in bozulmadığını göreceksiniz.
Tabii, istediğiniz gif çizimlerini after effects içerisinde de sağlayabilirsiniz. Bu kalite de gifler için bir diğer önerim; Çalışma alanınızı her zaman iki katı çözünürlükte ayarlamanız ve renderlarınızı "Media Encoder" ile almanız, böylelikle render sırasında kaliteyi istediğiniz gibi ayarlayabilirsiniz.