Hepsi aynı tema ise sanırım tek çare multisite. Ama 1500 sitede multisite ne olur bilmem. Sağlam bir sunucuda sorunsuz çalışabilir. Tek bir tema kullanıldığı için header.php deki değişiklik bütün sitelere etki eder.

Edit: multisite tek domain altında oluyor özür