Maalesef dediğiniz gibi olmuyor. App dosyasınıa refactor dediğinizde sadece app yazan kısımı değiştirirsiniz, paketin com.xxx.ccc yazan yerleri değişmez. Daha sonra xxx ve ccc yazan yerleri de ayrı ayrı değiştirmek gerekli, bunları yapsanız bile gradle, manifest , module ayarlarından vb. yerlerin tam olarak değişmediğini göreceksiniz. Hepsini değiştirdiğiniz takdirde bile düzgün çalışmayabiliyor.
Bundan dolayı en sağlıklı yöntem yeni bir proje oluşturup yeni paket ismini yazmak ve eski dosyaları bunun içine kopyalama ile olacaktır.