Bu sorunun cloudflare ile ilgisi yok hocam site optimizasyonundan kaynaklanıyor origin serverinize çok fazla istek geliyor veya doğru yazılmamış sql sorguları işlem sürecini uzatıyor.

Yapmanız gerekenler.

1. Mysql slow log fonksiyonunu açıp yavaş sorguları izlemeniz gerekli indexleri eklemeniz bunu yapma şansınız yok ise mevcut çok trafik alan sayfalarınızdaki sorguları kontrol ederek ilerleyebilirsiniz.
2. sunucu cpu ve ram kısmına bakın aktif ne kullanılıyor.
3. statik içerikleriniz var ise bir caching mekanizması ekleyin önüne.