Hocam site tarafınızda loglarınızı aktif etmeniz sizin açınızdan fayda sağlayacaktır. Plesk panel birçok saldırıyı engelleyebilir fakat sitenizdeki kaynak kodda sıkıntı varsa bununla ilgili tam anlamıyla koruma sağlayamaz. Size tavsiyem özellikle sitenizdeki cache bufferları kontrol etmeniz, site içi arama, form gönderme vb database i yoracak sayfa kodlamalarını kontrol etmeniz. Ayrıca plesk panel tarafındaki erişim ve access loglarını kontrol etmeniz gerekir.
İşin garip kısmı gece ayarlarla baya oynamama rağmen düzelmedi. Ben de bir şeyler atıştırayım diye gittim geldim baktım düzelmiş. 10-15 dk içinde kendine geldi kendi kendine. Sorunun kaynağını çözemedim fakat PHP error loglarda gereksiz basit error kayıtları vardı, değişken hataları vs. onların tamamını fixledim. Sabah itibari ile herhangi bir sorun görünmüyor. Cloud Flare var ve saldırı olması durumunda defalarca aktif etmeme rağmen hiçbir şekilde etki etmedi. Yani saldırı olma olasılığını çok düşük görüyorum çünkü sunucuda tek bir yavaşlama vs. yoktu. Sadece tek bir sitede sorun yaşanıyordu bakalım umarım tekrar olmaz. Bazı sınırlamaları vs kaldırdım site için, belki işlemci limitine takılıyordur diye. Belirttiğiniz gibi, log kayıtlarını geceden tutup sabah gelen tüm hataları fixledim, bakalım sonucu paylaşacağım.