Eğer ki şu şekilde yapmanıza rağmen farklı sonuç alıyorsanız, siz hata yapıyorsunuz demektir;

file_put_contents('data.txt', "{$content}n", FILE_APPEND);

Bu kodu her çalıştırdığınızda

1
2
3
4
5

şeklinde alt alta ekleyecektir.