SHC ile yapabilirsiniz.
SHC binary formatında scriptlerinizi şifrelemeye yarayan bir program.

./shc -f test.sh

bu komutun çıktısı olarak test.sh.x ve test.sh.x.c adında 2 dosya oluşur.

test.sh.x -> Binary formatında şifrelenmiş shell script
test.sh.x.c ->Shell scriptin c formatına çevrilmiş hali
http://www.linux-magazine.com/Online...Shell-Compiler