Önce şunu şuraya bırakalım, cehaletimizi atalım üstümüzden:
https://www.sitepoint.com/performant...big-files-php/

Oh ferahladıysak konuya dönelim:
Dosya birleştirmek için dizin içindeki dosyaları tek tek gezip okuyup boş bir dosyanın ardına ekleye ekleye gideceksin.
Bırda:
https://stackoverflow.com/questions/...d-with-same-st

Dosya sayfalaması için, dizin içindeki dosya isimlerini ayrı bi ini dosyasına yazarsın. Oradaki en son rakam neyse, bi sonraki dosyayı onun bi fazlasını oluşturur. O rakamı da dosya isimlerini tutan dosyanda güncellersin.
Bunu da ini file yaparsan tatlış olar.