Arkadaş ya eksik bilgiye sahip ya da size yalan söylüyor dediği olay mümkün değil. Tüm siteler ana domaine bağlı bile olsa ana domain ismi root tarafından değiştirilebilir, değiştirilmedi mi ? O zaman o domaini kullanmayacak zaten kontrol paneline ip adresiyle girmesi mümkündür yani kısacası herhangi negatif bir etkilenme yaşanmaz.