Çok fazla detaylı incelemedim ama, dediğine göre şöyle bir işlem yapabilirsin.
Veritabanımızın yapısı bu şekilde olsun ; http://prntscr.com/oihqj4
Verileri de post ile aldığını var sayarak ;

<?php
if($_POST){
$veri=$_POST['veri'];
$parcala=explode(" ",$veri);
$parcalasay=count($parcala);
for ($i=0; $i < $parcalasay ; $i++) {
$ara=$parcala[$i];
$sor=$db->query("SELECT *FROM baslik WHERE baslik='$ara'");
$say=$sor->rowCount();
if($say==1){
$diz=$sor->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
$baslikid=$diz['id'];
$kaydet1=$db->prepare("INSERT INTO baslik SET alt_id:alt_id,baslik=:baslik");
$kaydet2=$kaydet1->execute(array("alt_id"=>"$baslikid","baslik"=>"$veri"));
if($kaydet2){
    echo "Kayıt Başarılı";
}else{
    echo "Kayıt edilirken hata oluştu";
}
}
    ?>

bu şekilde istediğine ulaşabilirsin sanırım. Bağlantı dosyasını include etmedim, sadece kodları yazdım.