en basait ve etkili yöntem kod eklenen dosyayı ssh üzerinden chattr +i index.php ile kitlemektir.
Kitlenen dosyaya ssh üzerinden tekrar açılmadığı sürece düzenleme yapılamaz virüs olan bir müşteride sorunu bu şekilde çözmüştük

Hosting hizmeti alıyorsanız işlemi hosting firmanız yapabilir