Ram yetmeyince swap yapmış bu da disk kullanımını ucurmus olabilir.

-Yedekleme anlık olmak zorunda değilse gece çalıştirabilirsin, eğer anlık olmak zorunda ise;

+Disk SSD değilse SSD upgrade edebilirsiniz.
+Ekstra ram taktirabilirsiniz.
+Swap kapatabilirsiniz, böylece ram yetmeyince işlem otomatik sonlanacaktir.(önermiyorum bu çözümü)