Kodu denemedim ama öncelikle html dosyasında aynı isimle iki tane ID olamaz. Aşağıdakini deneyebilir misiniz ?

<select class="a">
<option value="1">1</option>
<option value="2">2</option>
<option value="3">3</option>
<option value="4">4</option>
<option value="5">5</option>
</select>
<select class="a">
<option value="1">1</option>
<option value="2">2</option>
<option value="3">3</option>
<option value="4">4</option>
<option value="5">5</option>
</select>
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js"></script>
<script>
$('.a:eq(0) option[value=5]').prop('selected',true);
$('.a:eq(1) option[value=3]').prop('selected',true);
</script>

Edit: Sorun çözülmüş.