Sorunuz direk template ile ilgili değil.

Include ederken belirli bir standart belirleyerek gitmenizde fayda var. Mesela bir URL helperi oluşturup bununla istediğiniz url yapısını alabilirsiniz veya PATH helper oluşturup include, file read gibi işlemlerde kullanabilirsiniz.

Sorunuza gelince; $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] ile root path ini elde edersiniz.
Örnek;

include $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] . "/pages/kisayollar/ust.php";

Veya include edilen sayfanın path ini elde etmek için __DIR__ kullanabilirsiniz;

include __DIR__  . "/pages/kisayollar/ust.php";