for ($i=0; $i<11; $i++) {
echo str_pad($i, 4, '0', STR_PAD_LEFT)."<br>";
}

Olaya yanlış yerden bakıyorsun hocam, for döngüsü hazır bir fonksiyon olduğu için onun doğasını bozmaya çalışmak yerine çıktıyla oynamalısınız. Yukarıdaki kod tam olarak aradığınız işlemi gerçekleştirir. Aynı olayı sprintf fonksiyonu ile de gerçekleştirebilirsiniz. Kolay gelsin.