<?php    if($i %3 == 0){ ?>
</ul>
<ul class="blog column column_1_3">
<?php
}
$i++;
}
?>

kısmını silersen olay çözülür. burada her 3 veride <ul> listeni kapatıp açıyor.
yalnız column_1_3 classın yerine column_1_1 yazacaksın. temanın style dosyasında bu class mevcut. ama içeriğini çok kontrol etmedim . bi kayma vs olursa bildirirsin buradan.
Kısacası kodunun düzelmiş hali şöyle olmalı

<div class="row">
            <ul class="blog column column_1_1">
<?php
    while($cek = mysql_fetch_array($sql)){
?>
                <li class="post">
                    <a href="<?=$cek['resim1'];?>" data-fancybox="images" data-caption="<?=$cek['baslik'];?>" title="<?=$cek['baslik'];?>">
                        <img src='<?=$cek['resim1'];?>' alt='<?=$cek['baslik'];?>' />
                    </a>
                    <div class="post_content">
                        <h2 class="with_number">
                            <a href="etkinlik-<?=$cek['seobaslik'];?>.html" title="<?=$cek['baslik'];?>"><?=$cek['baslik'];?></a>
                        </h2>
                    </div>
                </li>
<?php 
}
?>
            </ul>
</div>