.ibd dosyaları verilerin saklandığı dosyalar değildir myisam tablo yapısında veriler doğrudan dosyada saklanır innodb deki verilere ulaşmak için ibdata1 dosyanızı almalısınız sadece bununla olmayacaktır.

Manuel tüm veritabalnarını oluşturup ibd ve frm uzantılı dosyaları yapıştırıp ibdata1 dosyanızıda değiştirdiğinizde serverin ayağa kalkmaması için bir sebep kalmaması gerekiyor.

ama veritabanı sql de yoksa sizin o dosyaları yapıştırsanızda çalışmayacaktır. çünkü mysql veritabanı vb bilgileri information_sheme db sinden alıyor burada bu kayıtların olması gerekmektedir.