Functions.php yi şifrelemeyin. İçerisine ekstra kod eklemek isteyenler olabilir. Bunun yerine başka bir dosyayı include ederek onu şifreleyin.
Dediğiniz mantıklı

Ama include edilen dosyayı nasıl şifreleyeceğiz

Teşekkür ederim. Son çare olarak ücretliye kalırsam rahatsız edicem