41. satırı şöyle değiştirip dener misiniz?

$clause .= 'AND (file.shortUrl = '.$db->quote($filterText).' OR file.originalFilename LIKE "%'.$db->escape($filterText).'%") AND file.originalFilename LIKE “%.apk” ';

Kodunuzu baştan sona inceleme fırsatım olmadı ama ana mantık veritabanında arama yaparken sütunadı like ‘%.apk’ yaparsak bize .apk ile biten dosyaları getir demiş oluruz.