PHP içinde şu şekildede olabilir bir üst yorumdaki gibide olabilir.
timer.php oluşturup içine aşağıdaki kodu yazabilirsin. Saniye başı sayfa yenilemeden kendi içinde yenileme yapar..

<? date_default_timezone_set('Europe/Istanbul'); ?>
<div id="times"><?=date("H:i:s");?></div>
<script src="http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js" type="text/javascript"></script>
<script>
setInterval(function() {$("#times").load('timer.php');}, 1000);
</script>