Url kaldırma işlemini sadece google üzerinden yapabilirsiniz. Ayrıntılı bilgi için buraya
https://support.google.com/webmaster.../1663419?hl=tr bakabilirsiniz.
Seo eklentisinde noindex ayarları diye bir bölüm var.
Burada kategoriler için noindex kullan dediğinizde o kategoriyi indexlemez.
İsterseniz tarih, yazı arşivi gibi birçok şeyi de buradaki seçeneklerden engelleyebilirsiniz.
Yapmanız gereken şey indexlenmesini istemediğiniz kategorileri seçmek bu kadar.