Dosyaları /root a bağlanıp attıysanız chown -R yapılandırmasını yapmanız gerekir. Yüksek ihtimalle bundan oluyor. A record'unuz büyük ihtimalle yanlış / farklı girildi. Bu yüzden böyle gözlemlemiş olabilirsiniz.

DNS server dan ayarlamanızı yapabilirsiniz, ayrı dns serveriniz yoksa dns editörden ayarlarınızı yapın.

iyi çalışmalar.