Tam olarak anlamadım fakat anladığım doğruysa önerim mysql bir sunucuda programı bir sunucuda çalıştır localhost yerine programda mysql sunucusu ip sini gir ek olarak Ram miktarın yetersiz kalıyor diyorsun Swap alanı oluşturmanı öneririm 10-20 GB kadar ram lerin yetersiz kaldığında HDD üzerinden devam edecektir verdiğin GB kadar eğer swap alanını oluşturup aktif edersen.