Bu tip durumlar biraz şans gibi.
Örneğin aynı sunucuda bulunan 1000 tane site otomatik ssl yüklenirken sizden DNS TXT kaydı bile istenebilir.

Şansın haricinde ki bir diğer konu ise,
SSL'ler genellikle günlük kontrol ediliyor süre bitimine yakın olan varsa otomatik olarak yenileniyor ancak,letsencrypt alan adını doğrulayabilmek için siteadi.com/wel-known/acme-challenge vs vs gibi bir url adresine istek atıyor. eğer .htaccess ile bu linke gitmesini engellerseniz bilerek veya bilmeyerek, ssl aktif edilemiyor.


Bu söylediğim senaryo birkaç yıl öncesine ait.Muhtemelen hala aynıdır.