Kisa cevap; Kullanmayin.

Tl;dr
Buyuk projelerde monolith gitmek ilerde basinizi cok agritir. Hatta, sirketin batmasina bile sebep olabilecek sorunlar cikarir. Burada sadece codeigniter degil, laravel'i de ayni sekilde dusunun.
Microservice mimarisi hakkinda arastirma yapin. Ufak service'ler olsuturmak icin codeigniter kullanin, orda sorun yok.

Ayrica, codeigniter'i codebase buyuyecek ise (projenin buyuklugunden ziyade) yine kullanmamanizi oneririm.
Herhangi bir, Dependency Injection ozelligine sahip bir framework (sahsen Symfony derim), projeyi yonetmeyi codeigniter'dan cok daha iyi saglar.

Bunlari zamaninda orta-buyuk projelerde Codeigniter, Zend, Laravel, Symfony kullandigim icin yaziyorum.